وجهت الحركة الشعبية لاستقلال الأزهر، انتقادات واسعة إلى وزير الأوقاف الدكتور طلعت عفيفي بإصدار قرار بقيام هيئة الأوقاف التابعة للوزارة بإنشاء صوامع للقمح، مشيرةً إلى أنه استمرار لمسلسل إهدار مال الوقف في غير ما خصص له، ودليل على استمرار إنفاق مال الوقف، ومزيد من الخسارة للهيئة التي أقيل رئيسها منذ أيام لخسارة الهيئة. وتساءلت الحركة في بيان لها، عن رؤية الوزارة في بناء الدعاة، وخططهم في تطوير الخطاب الدينى؟ وأين مجهود الوزارة في الارتقاء بالمستوى المالي للأمام والفني؟ وأين سيطرة الوزارة على مساجد الأوقاف التي تهان كل يوم والآخر؟، على حد نص البيان. واستكملت الحركة: بأن الوزارة لا تتذكر فقط سوى المشاركة في خطط جماعة الإخوان المسلمين  في مشروعات "جتروفا وأسوان وسيناء" وفي النهاية فضيحة بخسارة الهيئة دون محاسبة لأي وزير ولا رئيس وزراء لا رئيس جمهورية. وبعثت الحركة، برسالة إلى مسئولي الأوقاف، نصها: نذكركم جميعا أن مال الوقف هو مال الله ولن تقوم للدولة قائمة دون مراعاة حق الله في مال الوقف طالما أنكم لا تعرفون، استقيلوا يرحمكم الله. وتعتزم هيئة الأوقاف بناء مشروع إنشاء صوامع لجمع الغلال في جميع أنحاء الجمهورية لتوفير فاقد جمع الغلال الذي وصل إلى 20%، وكان رئيس هيئة الأوقاف المقال الدكتور أسامة كامل قد أفصح عن ذلك منذ أسبوعين.